معصومه شقاقی؛ سمانه رشت بری؛ لاله سلوکی؛ سمیه سلطانی؛ غلامرضا دهقان
چکیده
چکیده
دانوفلوکساسین (DNF)، یک فلوروکینولون مصنوعی، به طور گسترده‌ای به عنوان یک عامل ضد باکتری در برابر طیف گسترده‌ای از عوامل بیماری زا استفاده می‌شود. در مطالعه حاضر، اثرات دانوفلوکساسین بر ساختار آلبومین سرم گاوی (BSA) با استفاده از تکنیک‌های طیف‌سنجی جذبی UV-Vis و فلوئورسانس و روش‌های داکینگ مولکولی در دماهای مختلف مورد بررسی قرار ...
بیشتر
چکیده
دانوفلوکساسین (DNF)، یک فلوروکینولون مصنوعی، به طور گسترده‌ای به عنوان یک عامل ضد باکتری در برابر طیف گسترده‌ای از عوامل بیماری زا استفاده می‌شود. در مطالعه حاضر، اثرات دانوفلوکساسین بر ساختار آلبومین سرم گاوی (BSA) با استفاده از تکنیک‌های طیف‌سنجی جذبی UV-Vis و فلوئورسانس و روش‌های داکینگ مولکولی در دماهای مختلف مورد بررسی قرار گرفت. نتایج بهدستآمده از مطالعات جذب UV-Vis نشان داد که ریزمحیط باقیماندههای فلوروفور پس از برهمکنش با دانوفلوکساسین تغییر قابلتوجهی نمیکند. همچنین، مطالعات فلورومتری تشکیل کمپلکس BSA-DNF و خاموششدن فلوئورسانس آلبومین سرم گاوی را در حضور دانوفلوکساسین نشان داد. تعداد محلهای اتصال و ثابتهای اتصال به ترتیب 1~ و در مرتبه 103 محاسبه شد. با توجه به پارامترهای ترمودینامیکی، نیروهای واندروالسی و پیوند هیدروژنی نقش اصلی را در تشکیل کمپلکس BSA-DNF ایفا میکنند که یک فرآیند خود به خودی میباشد.. فاصله اتصال بین دانوفلوکساسین و آلبومین سرم گاوی با روش انتقال انرژی تشدید فورستر محاسبه شد. نتایج داکینگ مولکولی با دادههای ترمودینامیکی و طیف‌سنجی مطابقت داشت و مکانیسم اتصال دانوفلوکساسین به آلبومین سرم گاوی را تأیید کرد.
زهرا گرکانی نژاد؛ ابوذر قنبری
چکیده
روش های ارتباط کمی ساختار-فعالیت سه بعدی ( 3D-QSAR) برای طراحی دارو بر پایه لیگاند بسیار مفید می باشند. یک سری جدید از تری آزولیل تیوفن ها به عنوان بازدارنده های CDK5/P25 انتخاب شده اند و با استفاده از روش های 3D-QSAR (CoMFA) و (CoMSIA) مدل سازی انجام شده است. برای مدل های بهینه (CoMFA) و (CoMSIA) به ترتیب ضرایب همبستگی ارزیابی متقاطع r2cv (q2) 0.539 و 0.598 و ضرایب همبستگی ...
بیشتر
روش های ارتباط کمی ساختار-فعالیت سه بعدی ( 3D-QSAR) برای طراحی دارو بر پایه لیگاند بسیار مفید می باشند. یک سری جدید از تری آزولیل تیوفن ها به عنوان بازدارنده های CDK5/P25 انتخاب شده اند و با استفاده از روش های 3D-QSAR (CoMFA) و (CoMSIA) مدل سازی انجام شده است. برای مدل های بهینه (CoMFA) و (CoMSIA) به ترتیب ضرایب همبستگی ارزیابی متقاطع r2cv (q2) 0.539 و 0.598 و ضرایب همبستگی (r2) 0.980 و 0.967 بدست آمده است. از یک سری آموزشی شامل 88 مولکول و یک سری پیش بینی شامل 24 مولکول برای بدست آوردن مدل ها استفاده شده است. ضرایب همبستگی مدل ها برای سری پیش بینی (r2pred) به ترتیب 0.968 و 0.945 بدست آمده است. از داکینگ مولکولی برای بررسی اتصال لیگاند و گیرنده استفاده شده است. نتایج حاصل از داکینگ مولکولی می تواند در طراحی بازدارنده های جدید مفید باشد.
نصرت مددی ماهانی
چکیده
برهمکنشهای پروتئین 6twk با داروی اکتوئین، مزدوج اکتوئین- دندریمر پلیامیدوامین و مزدوج اکتوئین- دندریمر پلی امیدوامین اصلاحشده با هیستیدین با استفاده از داکینگ مولکولی شبیهسازی دینامیک مولکولی بررسی گردید. بر اساس نتایح داکینگ مولکولی، افزایش انرژی پیوندی و کاهش ثابت بازداری ترکیبات، فعالیت بازداری آنها افزایش می یابد. ...
بیشتر
برهمکنشهای پروتئین 6twk با داروی اکتوئین، مزدوج اکتوئین- دندریمر پلیامیدوامین و مزدوج اکتوئین- دندریمر پلی امیدوامین اصلاحشده با هیستیدین با استفاده از داکینگ مولکولی شبیهسازی دینامیک مولکولی بررسی گردید. بر اساس نتایح داکینگ مولکولی، افزایش انرژی پیوندی و کاهش ثابت بازداری ترکیبات، فعالیت بازداری آنها افزایش می یابد. پایداری پروتئین در کمپلکس با این لیگاندها با استفاده از شبیهسازی دینامیک مولکولی مطالعه گردید. نتایج شبیهسازی دینامیک مولکولی نشان داد که کمپلکس پروتئین با دندریمر پلیمری اصلاح شده با هیستیدین- اکتوئین، کمترین مقدار میانگین مربع جابجایی، مناسبترین لیگاند برای پروتئین و جابجایی دارو میباشد و این باعث می‌شود که نفوذ و کنترل دارو بهتر انجام می‌شود. همچنین این سیستم میتواند برای بررسی بیشتر بر روی برهم کنشهای دارو اکتوئین و پروتئین معرفی گردد.
